五年的追逐化為泡影,隨著X檔案的關閉,??怂埂つ碌拢ù笮l(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾)和丹娜·斯科莉(吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾)被迫調任處理一些平常的案件。某天,美國得州達拉斯市發(fā)生一起爆炸案。雖然穆德和斯科莉極力疏散寫字樓內的人群,但爆炸還是奪取了4名無辜者的性命,他們也因此受到上級的指摘。然而事后不久,穆德便得知4名犧牲者早在爆炸之前便已死亡,所謂爆炸案不過是某個神秘部門為了掩蓋證據而實施的騙局。該部門據說多年來一直從事外星人的研究,并且他們的研究足以導致人類的毀滅。兩名搭檔決定徹查此事,但是神秘且難以抗拒的力量無時無刻不在阻撓他們追尋真相的腳步…… 本片為同名美劇的第一部劇場版。