南太平洋1000尺的深海海底，美國政府發現了一艘已有300年歷史的神秘太空船。當局立刻組成了一隊由心理學家諾曼·古德曼（達斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman飾）、生物化學家貝絲·哈波琳（莎朗·斯通 Sharon Stone飾）和數學家哈瑞·亞當斯（塞繆爾·杰克遜 Samuel L. Jackson飾）這三位頂尖科學家組成的科學小組前往當地調查。他們利用高科技的實驗艇深入海底進行探測。然而船體內部的一個巨大而怪異的球狀體，擁有著洞悉每個人的內心世界的強大魔力，它似乎能控制每個人的思想和行為。更糟的是，一個不明海底生物也向實驗艇發起了攻擊。