殺人越貨的罪犯連續神秘死亡,人們將替天行道懲治惡人的基拉奉為救世主,警方對之束手無策。專門解決奇詭事件的天才少年L推斷,基拉有97\%的可能性身在日本,于是他離開洛杉磯飛赴日本。臨行之前,L心中浮起淡淡的預感——自己可能再也回不來了。L與基拉——夜神月的展開了正面交鋒。這時,泰國的一個小村莊被人從大地上抹去了痕跡。L并不知道有一樁足以毀滅世界的重大陰謀正在醞釀之中。L以自己的生命為代價設下陷阱準備一舉擊潰夜神月,不料,多年的搭檔渡意外身亡。L決定在自己最后的23天中解決渡所留下的任務。直升機送來了一箱給渡的禮物,里面竟是一個男孩——他是遭滅頂之災的泰國小村的唯一幸存者。L從男孩隨身攜帶的磁碟資料中得知,該事件與恐怖的殺人病毒有關。此時,少女真希帶著父親的遺物來找渡,她也是這場陰謀的受害者。追蹤而來的殺手已然趕到,L帶著兩個孩子開始了逃亡。只剩6天了,L決定與陰謀者決一死戰。